More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0409 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  66.16 
 
 		 277 aa  360  1e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  43.57 
 
 		 264 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1417  AraC family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 261 aa  208  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17982  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1526  AraC family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0365  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 261 aa  205  7e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0791032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 264 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  42.15 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  37.69 
 
 		 276 aa  195  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  38.43 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4909  AraC family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 262 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000033682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4852  AraC family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 262 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0644466 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4730  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390984 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 263 aa  186  5e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  35.6 
 
 		 275 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0927  helix-turn-helix domain-containing protein  36.78 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0910  helix-turn-helix domain-containing protein  35.12 
 
 		 258 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.34 
 
 		 271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3453  helix-turn-helix domain-containing protein  35.12 
 
 		 272 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3577  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.186564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3559  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4920  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 265 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.94136 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3843  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 265 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.419049 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3380  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  38.96 
 
 		 267 aa  158  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  37.55 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 265 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4581  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0126281 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 266 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 266 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 266 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 		 265 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  38.31 
 
 		 259 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 267 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 262 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 		 281 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 273 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 284 aa  143  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 268 aa  142  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 263 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  33.6 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  34.96 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  34.98 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  31.2 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 262 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 275 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 263 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 257 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  35.66 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 272 aa  135  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  33.18 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.07 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  34.07 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>