More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0961 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  99.23 
 
 		 259 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  96.14 
 
 		 259 aa  519  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  90.73 
 
 		 259 aa  495  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3453  helix-turn-helix domain-containing protein  86.82 
 
 		 272 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3577  AraC family transcriptional regulator  86.82 
 
 		 258 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.186564 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0910  helix-turn-helix domain-containing protein  86.82 
 
 		 258 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3380  transcriptional regulator, AraC family  86.05 
 
 		 258 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0927  helix-turn-helix domain-containing protein  78.38 
 
 		 259 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 263 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  55 
 
 		 264 aa  297  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  55.51 
 
 		 276 aa  295  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  54.81 
 
 		 240 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  42.69 
 
 		 275 aa  221  7e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1526  AraC family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 261 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1417  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 261 aa  219  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17982  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  43.1 
 
 		 264 aa  218  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0365  AraC family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0791032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 267 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3843  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 265 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.419049 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4920  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 265 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.94136 
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  38.27 
 
 		 271 aa  191  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 257 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4909  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000033682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4852  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0644466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4730  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3559  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 265 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 265 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.19 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  33.33 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 272 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 261 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4909  AraC family substrate binding transcriptional regulator  32.29 
 
 		 272 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  30.57 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  30.8 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 269 aa  118  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 272 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 273 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 273 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 269 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 278 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0610  helix-turn-helix, AraC type  31.11 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  28.95 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 261 aa  113  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 279 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7867  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 267 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001035  transcriptional regulator AraC/XylS family  30.09 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  28.44 
 
 		 260 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 273 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  27.9 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2080  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  30.8 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  26.99 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 259 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  30.54 
 
 		 259 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 262 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 259 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 264 aa  108  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>