More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4852 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4852  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0644466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4730  AraC family transcriptional regulator  98.08 
 
 		 262 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4909  AraC family transcriptional regulator  95.04 
 
 		 262 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000033682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  90.04 
 
 		 262 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 264 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  63.78 
 
 		 264 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 267 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 257 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 257 aa  229  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 		 264 aa  221  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1526  AraC family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1417  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 261 aa  215  7e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17982  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  40.33 
 
 		 276 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 277 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0365  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0791032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0927  helix-turn-helix domain-containing protein  43.2 
 
 		 259 aa  210  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3559  transcriptional regulator, AraC family  42.13 
 
 		 267 aa  209  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  41.28 
 
 		 240 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 263 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 273 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 259 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 259 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 259 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3380  transcriptional regulator, AraC family  41.32 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3453  helix-turn-helix domain-containing protein  41.32 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0910  helix-turn-helix domain-containing protein  41.32 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3577  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 258 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.186564 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3843  transcriptional regulator, AraC family  42.56 
 
 		 265 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.419049 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4920  transcriptional regulator, AraC family  42.56 
 
 		 265 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.94136 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.18 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 260 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  37.45 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  38.58 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 268 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 272 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.59 
 
 		 267 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  34.66 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 325 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 325 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  35.34 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 295 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2538  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 258 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 275 aa  141  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  34.14 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 259 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 259 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 267 aa  138  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 299 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 		 254 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  34.91 
 
 		 278 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  36.65 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>