More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1092 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  90.35 
 
 		 259 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  90.73 
 
 		 259 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  89.96 
 
 		 259 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3453  helix-turn-helix domain-containing protein  83.72 
 
 		 272 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0910  helix-turn-helix domain-containing protein  83.72 
 
 		 258 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3577  AraC family transcriptional regulator  82.56 
 
 		 258 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.186564 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3380  transcriptional regulator, AraC family  82.95 
 
 		 258 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0927  helix-turn-helix domain-containing protein  74.9 
 
 		 259 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  55.34 
 
 		 263 aa  299  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  55.91 
 
 		 276 aa  298  7e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  55.12 
 
 		 264 aa  297  9e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  56.49 
 
 		 240 aa  291  9e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  43.1 
 
 		 264 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1417  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 261 aa  217  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17982  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1526  AraC family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 261 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 257 aa  214  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0365  AraC family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0791032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 267 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3843  transcriptional regulator, AraC family  39.92 
 
 		 265 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.419049 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4920  transcriptional regulator, AraC family  39.92 
 
 		 265 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.94136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 264 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  38.27 
 
 		 271 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 262 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 277 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4730  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390984 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4852  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0644466 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4909  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000033682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 276 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3559  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 267 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 268 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.62 
 
 		 267 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 272 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 261 aa  125  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  34.36 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 272 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 272 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.38 
 
 		 273 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 273 aa  122  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  31.38 
 
 		 273 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 292 aa  121  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 269 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 273 aa  118  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4909  AraC family substrate binding transcriptional regulator  30.49 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 269 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  31.74 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7867  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  26.99 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 248 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 263 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 272 aa  108  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001035  transcriptional regulator AraC/XylS family  30.53 
 
 		 271 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0610  helix-turn-helix, AraC type  29.15 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  108  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 268 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>