More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1909 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  550  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  56.98 
 
 		 262 aa  315  5e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 258 aa  262  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  48.41 
 
 		 264 aa  257  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  45.53 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 268 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 261 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 261 aa  244  9e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 325 aa  238  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 325 aa  238  5e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 294 aa  235  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  45.04 
 
 		 273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  46.06 
 
 		 273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 274 aa  229  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 263 aa  221  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 267 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  42.15 
 
 		 264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 273 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 269 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  48 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 273 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.98 
 
 		 273 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  47.98 
 
 		 273 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  47.98 
 
 		 273 aa  208  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  47.98 
 
 		 269 aa  206  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  39.59 
 
 		 273 aa  204  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 292 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  40.08 
 
 		 274 aa  201  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 269 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 267 aa  185  6e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  37.76 
 
 		 278 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  36.65 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 266 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 267 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 267 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 278 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 277 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 256 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 278 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 267 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 270 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 265 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 276 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  32.11 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.97 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  30.99 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 279 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 257 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 273 aa  131  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  32.59 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1019  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 257 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.477846  normal  0.675465 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 276 aa  129  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1128  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 266 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4581  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0126281 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 272 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0657  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2538  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  31.8 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>