More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2711 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  535  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 263 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  43.4 
 
 		 270 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 265 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 257 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 257 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 257 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  38.65 
 
 		 262 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 255 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 262 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  38.84 
 
 		 278 aa  176  4e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 279 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 266 aa  168  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 244 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 259 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 450 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 333 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 285 aa  161  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0475  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0515677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 299 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2070  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 		 265 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 264 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  40.6 
 
 		 260 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  158  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  39.32 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 272 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 280 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  35.04 
 
 		 260 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  34.98 
 
 		 268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  35.47 
 
 		 265 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  36.89 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 265 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_004310  BR0657  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3644  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0842357 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 263 aa  152  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 257 aa  151  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 273 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 263 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4834  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53090  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1876  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 253 aa  148  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.974841  normal  0.0151551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3761  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4654  transcriptional regulator  35.39 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  35.11 
 
 		 281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.44 
 
 		 267 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>