More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2152 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  66.42 
 
 		 274 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  65.68 
 
 		 274 aa  361  9e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 271 aa  360  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  66.79 
 
 		 269 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 274 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  63.08 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 247 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 376 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 383 aa  69.3  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  28.78 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 390 aa  67  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  27.78 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 383 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 392 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  26.36 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 106 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 390 aa  59.3  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 422 aa  59.3  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 375 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 378 aa  59.3  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 379 aa  59.3  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.35 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3084  response regulator receiver protein  37.76 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 381 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 363 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 388 aa  55.5  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.21 
 
 		 389 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 1201 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 399 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  32.58 
 
 		 380 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 401 aa  53.9  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  31.82 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 347 aa  53.1  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 385 aa  53.1  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 543 aa  52.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 285 aa  52.4  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 309 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  52.4  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 285 aa  52.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.68 
 
 		 289 aa  52.4  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 513 aa  52.4  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 359 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 791 aa  52  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 349 aa  52  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 318 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  31.82 
 
 		 289 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 389 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 296 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  28.57 
 
 		 1414 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 379 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 379 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 515 aa  50.4  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 532 aa  50.4  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.43 
 
 		 398 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 364 aa  50.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 307 aa  50.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.23 
 
 		 323 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 267 aa  50.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 279 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 303 aa  49.7  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 337 aa  49.7  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 381 aa  49.3  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 519 aa  49.3  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 309 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 296 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  36.28 
 
 		 309 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 392 aa  48.9  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 236 aa  48.9  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 362 aa  48.9  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 304 aa  48.9  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 323 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>