More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1550 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 383 aa  793    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 390 aa  92.8  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 375 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 399 aa  86.7  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  24.92 
 
 		 404 aa  83.2  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 392 aa  82.8  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.88 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 377 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  26.35 
 
 		 379 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 106 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 406 aa  66.2  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.48 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  33.6 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 513 aa  63.2  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 438 aa  63.2  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29 
 
 		 537 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  24.47 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 1201 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.65 
 
 		 398 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 362 aa  57  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 515 aa  56.6  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 303 aa  56.2  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 277 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.46 
 
 		 394 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 327 aa  54.7  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  23.26 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 317 aa  54.7  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 325 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 321 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 325 aa  53.9  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 118 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 329 aa  53.9  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 259 aa  53.9  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 327 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 297 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  22.73 
 
 		 380 aa  53.5  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 348 aa  53.5  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 267 aa  53.5  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 349 aa  53.5  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  53.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>