74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1038 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 394 aa  806    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.04 
 
 		 398 aa  149  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.02 
 
 		 394 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  26.59 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.65 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  25.62 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 274 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 274 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 375 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 399 aa  63.2  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 269 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 373 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 391 aa  60.5  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 392 aa  57  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 331 aa  57  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  31.37 
 
 		 328 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 393 aa  55.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 389 aa  54.3  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 438 aa  53.9  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  25.89 
 
 		 404 aa  53.5  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  22.71 
 
 		 379 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 364 aa  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  25.18 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 358 aa  50.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  31.25 
 
 		 352 aa  50.4  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 390 aa  50.1  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 390 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 370 aa  49.3  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 368 aa  48.9  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0396  AraC-like transcriptional regulator  37.66 
 
 		 285 aa  48.9  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000261695 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 		 106 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 380 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 381 aa  48.9  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 247 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  23.14 
 
 		 294 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1291  response regulator receiver protein  30 
 
 		 585 aa  47  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.655637  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  32.08 
 
 		 301 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.13 
 
 		 389 aa  46.6  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 379 aa  46.6  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 313 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 359 aa  46.6  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.41 
 
 		 537 aa  45.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0616  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 247 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3553  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 558 aa  44.7  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.566587  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1972  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 701 aa  44.7  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000433091  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  25.27 
 
 		 300 aa  44.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  30.68 
 
 		 241 aa  43.5  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 287 aa  43.1  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 292 aa  43.5  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>