125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1109 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  100 
 
 		 352 aa  712    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 373 aa  89.7  7e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  35.51 
 
 		 328 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 364 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 390 aa  70.5  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  34.64 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 393 aa  66.2  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  30.15 
 
 		 404 aa  62.8  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 359 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 391 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.61 
 
 		 394 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 381 aa  60.8  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  30.1 
 
 		 406 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.92 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  25.19 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 337 aa  57  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 392 aa  55.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2904  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 502 aa  55.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.190431 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 399 aa  54.3  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 376 aa  53.9  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 375 aa  53.9  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 422 aa  53.5  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 370 aa  53.5  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 571 aa  52.8  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 78 aa  53.1  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  23.78 
 
 		 353 aa  52.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 308 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 347 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 291 aa  51.2  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 438 aa  51.2  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 291 aa  50.4  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 383 aa  50.4  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 385 aa  50.4  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1458  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 504 aa  50.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 440 aa  49.7  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  48.9  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 427 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  40.98 
 
 		 287 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  40.98 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 292 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 367 aa  47  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 301 aa  47  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 399 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.09 
 
 		 299 aa  46.6  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 349 aa  46.6  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 339 aa  46.2  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.26 
 
 		 394 aa  46.2  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2642  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 109 aa  46.2  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.736887 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 359 aa  46.2  0.0009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2800  alcohol dehydrogenase  48.84 
 
 		 565 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2820  alcohol dehydrogenase  48.84 
 
 		 565 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2940  AraC family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 565 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.91789  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 287 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1557  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 565 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.486878  hitchhiker  0.00513105 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1829  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 517 aa  45.4  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  31.46 
 
 		 345 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 344 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2497  alcohol dehydrogenase  46.51 
 
 		 563 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 272 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 302 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 760 aa  44.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2020  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / DNA-3-methyladenine glycosylase II / transcriptional regulator Ada  28.42 
 
 		 517 aa  44.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.416366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  25.3 
 
 		 304 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>