More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2310 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 
299 aa  613  9.999999999999999e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 
291 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  37.22 
 
 
291 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 
290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  33.11 
 
 
295 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 
286 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 
302 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.6 
 
 
290 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.94 
 
 
290 aa  155  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 
288 aa  155  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.93 
 
 
289 aa  152  8e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.43 
 
 
292 aa  149  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 
291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  31.5 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 
315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  32.57 
 
 
298 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 
325 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 
303 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
328 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
339 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 
326 aa  129  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
322 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.41 
 
 
289 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 
297 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 
319 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 
310 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 
301 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 
281 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 
329 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 
321 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 
303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 
280 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  27.88 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  26.84 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 
350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  25.68 
 
 
350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  24.82 
 
 
315 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
311 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  26.77 
 
 
301 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 
311 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
312 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
312 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
330 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.04 
 
 
294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  26.16 
 
 
301 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  26.43 
 
 
307 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 
301 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 
289 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 
292 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  24.72 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 
309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
301 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 
294 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 
294 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 
296 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 
301 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 
318 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
325 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 
308 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  23.26 
 
 
323 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.24 
 
 
319 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 
318 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 
324 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 
325 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 
324 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 
302 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  23.86 
 
 
324 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2292  hypothetical protein  50 
 
 
106 aa  93.6  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607547 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 
324 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  21.62 
 
 
318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 
159 aa  92.8  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  21.59 
 
 
327 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  21.21 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>