More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0135 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 391 aa  801    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 392 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 399 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  26.41 
 
 		 379 aa  89.4  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  29.12 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  37.3 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 393 aa  86.7  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 364 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.2 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  26.43 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.83 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  21.55 
 
 		 390 aa  79.3  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.69 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 422 aa  72.4  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 719 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 383 aa  69.7  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 285 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 363 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 760 aa  65.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  25.74 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 414 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 379 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 438 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  28.57 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 773 aa  61.2  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 106 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  37.35 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  37.35 
 
 		 111 aa  60.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 537 aa  60.1  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.74 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 346 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 306 aa  59.7  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  34.48 
 
 		 261 aa  59.3  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 376 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  29.2 
 
 		 352 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  31.03 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 154 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 198 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  30.43 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 362 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 940 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.44 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  22.63 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 550 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 532 aa  57.4  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 686 aa  57.4  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 686 aa  57.4  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 288 aa  57  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>