More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2491 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 385 aa  793    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 390 aa  229  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  35.14 
 
 		 404 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 389 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 392 aa  209  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 390 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 381 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 379 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30.42 
 
 		 379 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 377 aa  162  6e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  27.58 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  31.6 
 
 		 328 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  48.45 
 
 		 106 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.67 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 392 aa  98.6  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  27.32 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 359 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 370 aa  90.1  6e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 399 aa  87.8  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 335 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  24.58 
 
 		 406 aa  86.3  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.44 
 
 		 398 aa  85.5  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.55 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 371 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 393 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 375 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.92 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 391 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  31.15 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.32 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 274 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 760 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  36.04 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  40.48 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  27.74 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  27.83 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 271 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  27.19 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.4 
 
 		 537 aa  62  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  33.96 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  33.96 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0227  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  26.72 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 538 aa  60.1  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 349 aa  59.7  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 531 aa  59.7  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 1201 aa  59.3  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>