More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4605 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
271 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  53.68 
 
 
281 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 
269 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  49.62 
 
 
271 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  49.62 
 
 
271 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  48.85 
 
 
271 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  49.21 
 
 
278 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  48.81 
 
 
277 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  50.39 
 
 
271 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  48.81 
 
 
277 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  49.61 
 
 
271 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  50.79 
 
 
268 aa  217  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  46.83 
 
 
277 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  46.83 
 
 
277 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  46.83 
 
 
277 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  46.3 
 
 
261 aa  206  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  28.46 
 
 
1418 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  31.64 
 
 
1366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  31.62 
 
 
1388 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  32.17 
 
 
1306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  31.1 
 
 
1355 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  32.3 
 
 
1343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  30.74 
 
 
1370 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  30.53 
 
 
1278 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 
437 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3134  response regulator receiver protein  43.26 
 
 
200 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  45.83 
 
 
407 aa  106  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  30.63 
 
 
1355 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  31.1 
 
 
1298 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.15 
 
 
346 aa  105  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 
940 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.92 
 
 
441 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  37.24 
 
 
305 aa  103  2e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45 
 
 
441 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4136  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  44.09 
 
 
440 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000660181  hitchhiker  0.00876613 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 
265 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.4 
 
 
715 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.4 
 
 
715 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  28.92 
 
 
1366 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 
1341 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
541 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.85 
 
 
356 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  42.74 
 
 
443 aa  102  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  27.6 
 
 
1374 aa  102  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  33.65 
 
 
1378 aa  102  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
305 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  29.07 
 
 
1373 aa  102  9e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
386 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1713  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
361 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.310925  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
386 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  28.85 
 
 
1344 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4465  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 
437 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.37 
 
 
541 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.64 
 
 
488 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.07 
 
 
503 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3165  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.78 
 
 
367 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0569095  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2347  response regulator receiver protein  44.17 
 
 
202 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.56815  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  30.43 
 
 
1400 aa  99.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  40.15 
 
 
336 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  28.17 
 
 
1397 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  41.48 
 
 
309 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 
566 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  41.48 
 
 
309 aa  99  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  25.49 
 
 
1335 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  26.77 
 
 
1324 aa  99  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6548  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.53 
 
 
397 aa  98.6  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.543575 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1118  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45.69 
 
 
452 aa  98.2  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000972917  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0809  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.33 
 
 
367 aa  98.6  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2743  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
395 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3359  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
395 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361398  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 
337 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.42 
 
 
222 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.5 
 
 
593 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2179  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  42.02 
 
 
348 aa  97.8  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
383 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.5 
 
 
593 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  30 
 
 
993 aa  96.7  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.28 
 
 
292 aa  97.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
309 aa  96.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3524  two component LuxR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
353 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.428998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 
308 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
677 aa  96.3  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.74 
 
 
353 aa  95.9  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  41.48 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2951  response regulator receiver protein  43.44 
 
 
340 aa  95.9  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.129077 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
306 aa  95.5  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
349 aa  95.5  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
339 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.86 
 
 
308 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 
349 aa  94.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.86 
 
 
308 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
384 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1731  response regulator receiver protein  38.64 
 
 
361 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  26.67 
 
 
1378 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.8 
 
 
553 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  37.5 
 
 
301 aa  94.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  25.38 
 
 
961 aa  93.6  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  41.48 
 
 
312 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4030  response regulator receiver protein  42.52 
 
 
216 aa  93.6  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000171088  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
363 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>