More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0802 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 381 aa  773    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 389 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 392 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 385 aa  211  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 390 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 390 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.32 
 
 		 404 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 379 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  27.72 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.85 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 373 aa  105  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 399 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.13 
 
 		 389 aa  90.1  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  25.73 
 
 		 328 aa  86.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  22.82 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  45.92 
 
 		 106 aa  85.9  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 285 aa  82.4  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 364 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.48 
 
 		 398 aa  79.3  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 391 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  30.37 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 383 aa  62.8  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  28.99 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  26.54 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.58 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  46.38 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.67 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30.92 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 144 aa  57.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.07 
 
 		 156 aa  57.4  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  29.67 
 
 		 274 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 269 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 506 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 515 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 302 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 513 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 146 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03712  DNA mismatch repair protein  24.32 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 146 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 544 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 146 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 531 aa  55.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  54.7  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 287 aa  53.9  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  30.48 
 
 		 261 aa  53.9  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 278 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 303 aa  53.1  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 492 aa  53.5  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 306 aa  53.1  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 233 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 546 aa  52.8  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 277 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 440 aa  52.8  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 323 aa  53.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 277 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 112 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 133 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 156 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3172  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 147 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000984429 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  30.34 
 
 		 537 aa  52.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 1201 aa  52.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4426  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 290 aa  52.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>