More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3929 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
303 aa  629  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  60.81 
 
 
305 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  57.97 
 
 
295 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  47.84 
 
 
303 aa  291  7e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
306 aa  226  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
303 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 
307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  37.79 
 
 
305 aa  222  7e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 
306 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  38.8 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 
301 aa  210  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 
306 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 
298 aa  209  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  36.52 
 
 
304 aa  209  6e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 
302 aa  208  7e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 
303 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 
304 aa  208  9e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.2 
 
 
311 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
306 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 
300 aa  207  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 
297 aa  206  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 
302 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.25 
 
 
299 aa  205  7e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 
302 aa  204  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 
306 aa  203  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 
305 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 
304 aa  203  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 
308 aa  201  9e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  36.77 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  36.33 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 
302 aa  199  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 
305 aa  198  7e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 
300 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 
312 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 
307 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  35.6 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  35.74 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 
305 aa  195  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 
304 aa  194  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  35.93 
 
 
306 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 
304 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 
298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
296 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 
295 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 
312 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 
301 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 
297 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
302 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 
259 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 
297 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  21.98 
 
 
303 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 
299 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  46.25 
 
 
290 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 
289 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  22.57 
 
 
290 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 
299 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 
299 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.65 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 
295 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
285 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  21.61 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 
331 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  24.73 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 
305 aa  69.3  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 
314 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 
301 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 
284 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  43.53 
 
 
1378 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 
293 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 
300 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 
292 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 
297 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 
289 aa  67.4  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 
517 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 
546 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 
295 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  23.43 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 
308 aa  66.2  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>