More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1391 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 379 aa  775    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  35.01 
 
 		 379 aa  242  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 377 aa  209  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  30.36 
 
 		 404 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 385 aa  160  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 390 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 390 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  24.3 
 
 		 379 aa  90.1  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 377 aa  86.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 285 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 106 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 363 aa  79.3  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.08 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  34.75 
 
 		 380 aa  72.8  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  23.1 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 392 aa  67.4  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 760 aa  67  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 353 aa  67  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.66 
 
 		 389 aa  67  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.22 
 
 		 398 aa  67  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 399 aa  66.2  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 362 aa  63.5  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 287 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  33.61 
 
 		 343 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  26.28 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 380 aa  60.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  27.05 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  24.62 
 
 		 328 aa  59.3  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 308 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.46 
 
 		 415 aa  57  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  57  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 323 aa  57  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 1201 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  27.19 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  29.91 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 337 aa  57  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 338 aa  56.2  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.91 
 
 		 307 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 538 aa  55.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 347 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 347 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 347 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 493 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  34.04 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 775 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 333 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  27.39 
 
 		 309 aa  55.5  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 333 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 301 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 391 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  31.91 
 
 		 302 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>