More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2599 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 373 aa  733    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 390 aa  152  8.999999999999999e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.26 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 385 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 385 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  33.24 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  28.74 
 
 		 404 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 390 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.71 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 392 aa  113  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  30.15 
 
 		 379 aa  109  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.32 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.35 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 381 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 389 aa  105  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  43.85 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 		 399 aa  103  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 422 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  43.93 
 
 		 406 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 353 aa  95.9  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  46.08 
 
 		 106 aa  93.6  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 381 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  34.88 
 
 		 352 aa  90.1  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 274 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 274 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  37.9 
 
 		 285 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 380 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 		 349 aa  87.4  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 269 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  38.84 
 
 		 438 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  34.78 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 391 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.76 
 
 		 394 aa  78.6  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.14 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  23.18 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 335 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  35.8 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 515 aa  73.9  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 513 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  36.56 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  34.02 
 
 		 961 aa  66.2  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  33.9 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  33.9 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 760 aa  64.3  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  35.48 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 492 aa  63.2  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3553  TPR repeat-containing protein  34.13 
 
 		 558 aa  63.2  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.566587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 78 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 1201 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 529 aa  59.3  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3755  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00051726  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  31.46 
 
 		 537 aa  58.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  30.36 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>