More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3613 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 385 aa  801    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 383 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  33.42 
 
 		 388 aa  233  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  29.1 
 
 		 1414 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  31.4 
 
 		 993 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 556 aa  63.5  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 760 aa  63.2  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 299 aa  62  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 543 aa  61.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  34.94 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2642  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 109 aa  60.5  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.736887 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 519 aa  60.1  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.38 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 289 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  36.63 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  24.66 
 
 		 1347 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  31.48 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  39.29 
 
 		 1376 aa  57.4  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 339 aa  57.8  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 766 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 318 aa  57  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 274 aa  57  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 529 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  41.79 
 
 		 292 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 303 aa  57  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 517 aa  57  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  36.59 
 
 		 1363 aa  57  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.62 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  27.01 
 
 		 1370 aa  56.6  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 315 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  26.89 
 
 		 303 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 392 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 292 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 337 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 355 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1706  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 778 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  55.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 764 aa  56.2  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  32.93 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 310 aa  55.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2328  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241475  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>