More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1706 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1706  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 778 aa  1544    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 760 aa  121  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 		 542 aa  93.6  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 775 aa  83.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 766 aa  78.6  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  21.47 
 
 		 773 aa  76.6  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  30.63 
 
 		 1374 aa  75.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  33.07 
 
 		 1384 aa  71.2  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 543 aa  71.2  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 548 aa  70.1  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 519 aa  69.3  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  23.5 
 
 		 793 aa  68.6  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  30.87 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 508 aa  67  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  27.37 
 
 		 529 aa  67  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.35 
 
 		 1335 aa  67  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 904 aa  66.6  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  32.71 
 
 		 1296 aa  65.9  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 537 aa  65.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  38.54 
 
 		 507 aa  65.1  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 519 aa  64.3  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  19.3 
 
 		 766 aa  64.3  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 336 aa  63.9  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  21.31 
 
 		 538 aa  63.9  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  28.28 
 
 		 1347 aa  63.9  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2187  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 752 aa  63.5  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.97772  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  26.67 
 
 		 529 aa  63.5  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 507 aa  63.5  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  31.03 
 
 		 961 aa  62.8  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 292 aa  62.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 273 aa  63.2  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  33.61 
 
 		 1373 aa  63.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 287 aa  62.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  23.16 
 
 		 534 aa  62.4  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  29.49 
 
 		 1342 aa  62.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 539 aa  62.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 506 aa  62  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 286 aa  62  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  26.45 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  33.77 
 
 		 395 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  26.45 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 544 aa  61.2  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 764 aa  61.2  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 325 aa  60.8  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  35.79 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 409 aa  60.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 252 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  29.52 
 
 		 1397 aa  60.1  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 326 aa  60.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  30.08 
 
 		 1366 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 332 aa  60.5  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 378 aa  60.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 409 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 409 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 320 aa  60.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  30.7 
 
 		 1374 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1488  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.88 
 
 		 758 aa  60.5  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.16 
 
 		 300 aa  60.8  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  22.29 
 
 		 301 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  22.29 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.29 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 532 aa  60.1  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  22.29 
 
 		 301 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 328 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.29 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01362  hypothetical protein  27.48 
 
 		 1141 aa  59.7  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 934 aa  60.1  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>