More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3001 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  100 
 
 		 395 aa  810    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  95.95 
 
 		 399 aa  785    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 391 aa  736    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  66.41 
 
 		 414 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  66.41 
 
 		 405 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  65.9 
 
 		 407 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  65.9 
 
 		 407 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  65.4 
 
 		 405 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  65.56 
 
 		 397 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  66.32 
 
 		 397 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  65.8 
 
 		 397 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  65.8 
 
 		 397 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 397 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  67.02 
 
 		 397 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  67.28 
 
 		 397 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 390 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  47.76 
 
 		 393 aa  385  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  48.43 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  47.66 
 
 		 397 aa  363  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 397 aa  363  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  47.66 
 
 		 397 aa  363  3e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  47.76 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 392 aa  354  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  47.63 
 
 		 395 aa  352  7e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  47.55 
 
 		 392 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  47.55 
 
 		 392 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  47.55 
 
 		 392 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  47.55 
 
 		 392 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  47.55 
 
 		 392 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  47.11 
 
 		 392 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  47.11 
 
 		 392 aa  348  7e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 387 aa  348  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.19 
 
 		 384 aa  206  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.11 
 
 		 386 aa  199  1.0000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.18 
 
 		 380 aa  176  9e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 401 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 385 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.11 
 
 		 409 aa  158  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  27.58 
 
 		 387 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 380 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 445 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  30.08 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  33.5 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.31 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 337 aa  69.3  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  30.85 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  34.27 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  27.55 
 
 		 323 aa  66.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  28.52 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  30.91 
 
 		 278 aa  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.67 
 
 		 353 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0701785 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  28.35 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  35.4 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  28.35 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5610  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.339749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  28.35 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  27.21 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  28.35 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  32.6 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.86 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28330  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  27.75 
 
 		 334 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 329 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  29.17 
 
 		 331 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.06 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  30.4 
 
 		 379 aa  62.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 336 aa  62.4  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 355 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  25.43 
 
 		 338 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  27.84 
 
 		 323 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 346 aa  62  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.34 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  27.84 
 
 		 323 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  25.79 
 
 		 339 aa  62  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  30.39 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  26.53 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1545  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  24.73 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0174364  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>