More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3906 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 409 aa  837    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.17 
 
 		 384 aa  235  1.0000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.12 
 
 		 380 aa  222  9e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.51 
 
 		 386 aa  213  7e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  31.77 
 
 		 401 aa  205  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 385 aa  195  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 380 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 445 aa  184  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 387 aa  183  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 386 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 392 aa  169  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 391 aa  163  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.46 
 
 		 399 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  31.11 
 
 		 395 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  27.81 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  27.81 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  27.81 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  27.81 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  27.81 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 392 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  28.28 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  28.28 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 392 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 395 aa  150  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 409 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 397 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 397 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  28.86 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 387 aa  144  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  28.54 
 
 		 405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 397 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  25.49 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 245 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 363 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 327 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.22 
 
 		 349 aa  67  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2418  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 338 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 361 aa  67  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  40.45 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 321 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1533  putative ethanolamine operon transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.56366  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3737  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 348 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6738  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3824  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2824  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.60964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0321  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.5557  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1278  AraC family transcription regulator  33.9 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0834971  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>