More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2953 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 349 aa  697    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  63.89 
 
 		 347 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  59.51 
 
 		 328 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  60.5 
 
 		 331 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  48.55 
 
 		 382 aa  312  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 357 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  44.04 
 
 		 360 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  44.04 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 355 aa  286  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 357 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  44.11 
 
 		 396 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  44.11 
 
 		 396 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 361 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  44.21 
 
 		 356 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  44.34 
 
 		 393 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  44.34 
 
 		 360 aa  279  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  43.69 
 
 		 387 aa  279  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 350 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 338 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 345 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 337 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  42.27 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 363 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 338 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0321  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.5557  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 326 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.95 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 345 aa  155  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 355 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 355 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 339 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 325 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 353 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 401 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 364 aa  150  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 368 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 368 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.19 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 421 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  30.57 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.08 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>