More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2118 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  675    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  72.96 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  65.62 
 
 		 331 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  59.51 
 
 		 349 aa  409  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 382 aa  328  8e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  44.58 
 
 		 396 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 410 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  44.58 
 
 		 396 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 462 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.52 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 356 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  42.9 
 
 		 360 aa  276  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 360 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 357 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 360 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 357 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 357 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 393 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  41.8 
 
 		 387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 350 aa  268  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 361 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 338 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  42.63 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 345 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 351 aa  255  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  43.77 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  37.22 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  38.15 
 
 		 339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 336 aa  205  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0321  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.5557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 325 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 331 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 332 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 351 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  33.74 
 
 		 326 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 334 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 339 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 353 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.48 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 375 aa  162  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 325 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 350 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 330 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  31.76 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1614  transcriptional regulator  33.97 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  30.67 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 364 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 371 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1156  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  32.4 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1060  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 371 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 341 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 349 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 371 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 319 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>