More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3921 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 327 aa  674    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  42.15 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 343 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 347 aa  189  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  32.31 
 
 		 328 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  33.23 
 
 		 349 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  31.9 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 361 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 360 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  31.1 
 
 		 387 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 462 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 357 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 360 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 355 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 357 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.94 
 
 		 360 aa  159  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  30.58 
 
 		 393 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 351 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 334 aa  149  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0321  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 336 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.5557  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 351 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 351 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  25.23 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 401 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  26.75 
 
 		 341 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  25.08 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 318 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 371 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 371 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  24.84 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 345 aa  102  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  30.04 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 330 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  24.31 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.22 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 346 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  24.18 
 
 		 321 aa  100  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 311 aa  99.4  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 317 aa  99.4  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 361 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 349 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 349 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 346 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 314 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>