More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3564 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  98.46 
 
 		 325 aa  639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 332 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  81.06 
 
 		 331 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  70.13 
 
 		 326 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 343 aa  368  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 327 aa  225  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  38.63 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 462 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  39.31 
 
 		 396 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 410 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  39.31 
 
 		 396 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 361 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 357 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 360 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 357 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 393 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.58 
 
 		 360 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 360 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 363 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 382 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  37.67 
 
 		 328 aa  182  8.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 350 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 349 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 351 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 351 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  31.35 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 361 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  30.75 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  28.39 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  32.15 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  30.49 
 
 		 337 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 336 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 361 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 336 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  31.66 
 
 		 317 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 317 aa  126  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 361 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.94 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 371 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 364 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>