More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1140 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  55.95 
 
 		 341 aa  355  6.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 311 aa  331  8e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  49.21 
 
 		 375 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  48.08 
 
 		 331 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  44.79 
 
 		 367 aa  279  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 367 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1655  ThiJ/PfpI domain-containing protein  48.04 
 
 		 332 aa  278  9e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.491569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 368 aa  276  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  44.59 
 
 		 367 aa  275  9e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 368 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1576  transcriptional regulator, AraC family  49.66 
 
 		 331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 368 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 368 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  44.27 
 
 		 367 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  43.95 
 
 		 367 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  44.27 
 
 		 364 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  47.56 
 
 		 319 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  43.35 
 
 		 343 aa  265  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  43.85 
 
 		 343 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 		 344 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  40.19 
 
 		 334 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 337 aa  258  9e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 337 aa  258  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  40.32 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3312  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  40.39 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 332 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 353 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  43.28 
 
 		 325 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  44.74 
 
 		 336 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 336 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  42.95 
 
 		 314 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  46.28 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  39.43 
 
 		 337 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  45.6 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 319 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 315 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 331 aa  242  7.999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 388 aa  241  7.999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 361 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 361 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 339 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 		 340 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  41.97 
 
 		 316 aa  238  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  42.77 
 
 		 327 aa  236  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 314 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  39.24 
 
 		 332 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 314 aa  236  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 332 aa  235  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  42.77 
 
 		 341 aa  235  9e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  41.8 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  38.98 
 
 		 339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  42.12 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 355 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 330 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 355 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 340 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  38.66 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  38.94 
 
 		 331 aa  229  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  40.53 
 
 		 343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>