More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4910 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 388 aa  776    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  47.78 
 
 		 317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3312  AraC family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 318 aa  279  5e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  48.1 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  47.3 
 
 		 341 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 311 aa  266  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  48.48 
 
 		 297 aa  263  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  45.4 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1576  transcriptional regulator, AraC family  45.7 
 
 		 331 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1655  ThiJ/PfpI domain-containing protein  44.44 
 
 		 332 aa  236  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.491569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  43.52 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 314 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 314 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 314 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  41.83 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 336 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 314 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 368 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  41.8 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  41.19 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  36.34 
 
 		 353 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  41.8 
 
 		 324 aa  215  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 369 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 421 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 361 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 361 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 365 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 365 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 341 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 314 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 336 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 314 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 314 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 337 aa  213  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 314 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  39.09 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  37.11 
 
 		 339 aa  212  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 331 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  36.56 
 
 		 331 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 314 aa  209  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 371 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 371 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 341 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  38.66 
 
 		 334 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 344 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 343 aa  203  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 336 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 336 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  38.31 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 344 aa  202  8e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 340 aa  202  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 367 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  37.34 
 
 		 367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  37.99 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  37.03 
 
 		 367 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 368 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 368 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 368 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  39.03 
 
 		 375 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  33.66 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 332 aa  198  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  37.74 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  36.54 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  36.98 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 340 aa  194  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 333 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.57 
 
 		 343 aa  193  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 339 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>