More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3290 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  656    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  65.08 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  61.32 
 
 		 319 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  61.28 
 
 		 297 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3312  AraC family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 318 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  45.4 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 311 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  45.4 
 
 		 388 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1576  transcriptional regulator, AraC family  44.63 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  44.22 
 
 		 331 aa  222  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1655  ThiJ/PfpI domain-containing protein  44.18 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.491569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 337 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 337 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 336 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  40.95 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 340 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 341 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  40.32 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 341 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 365 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 369 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 365 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  37.66 
 
 		 343 aa  203  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  37.66 
 
 		 343 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 421 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  40.58 
 
 		 331 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 365 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  39.94 
 
 		 333 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  38.54 
 
 		 325 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 344 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 368 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 368 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 368 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 353 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 368 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.74 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  35.6 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  35.14 
 
 		 367 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 367 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 367 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 375 aa  189  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 367 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 367 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  37.22 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 341 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 361 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 361 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 317 aa  186  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  34.91 
 
 		 339 aa  185  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 332 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 326 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 338 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 332 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.9 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>