More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7250 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 332 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  70.06 
 
 		 337 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  70.57 
 
 		 337 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  44.97 
 
 		 347 aa  265  8e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 382 aa  262  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  43.77 
 
 		 328 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  41.93 
 
 		 331 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 		 349 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 361 aa  248  9e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.81 
 
 		 360 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  39.64 
 
 		 393 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 355 aa  243  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 462 aa  240  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 360 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 360 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 410 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  39.62 
 
 		 396 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  39.62 
 
 		 396 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  39.82 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  39.5 
 
 		 360 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 338 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 345 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  38.68 
 
 		 356 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 363 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  33.02 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 344 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 351 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  30.56 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  33.01 
 
 		 367 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  32.6 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  34.7 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 368 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 368 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 368 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  32.69 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 351 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0321  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.5557  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  30.35 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  29.58 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 322 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  30.35 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 331 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 335 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 331 aa  135  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 401 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1001  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0569552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>