More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4575 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  648    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  71.2 
 
 		 325 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  70.97 
 
 		 332 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  68.77 
 
 		 331 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  70.13 
 
 		 325 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 343 aa  408  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  42.15 
 
 		 327 aa  243  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 462 aa  206  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  38.84 
 
 		 396 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  38.84 
 
 		 396 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 360 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 410 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 355 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 360 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 361 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.99 
 
 		 360 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  37.27 
 
 		 387 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 356 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  36.53 
 
 		 393 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 382 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  35.15 
 
 		 363 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 338 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  33.74 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 347 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  34.15 
 
 		 349 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  30.84 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 369 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 337 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 341 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 371 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 371 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.38 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 338 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 340 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 401 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.13 
 
 		 325 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 371 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  30.75 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  29.9 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  29.15 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 339 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>