More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3293 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 367 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 368 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 368 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 367 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 368 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  35.44 
 
 		 367 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  35.26 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3631  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.796927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  35.46 
 
 		 375 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6432  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477793 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4491  transcriptional regulator, AraC family  35.93 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 336 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 336 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3821  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.958609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  33.01 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 327 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 322 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 353 aa  162  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  32.62 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  32.21 
 
 		 343 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  34.32 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  32.34 
 
 		 335 aa  155  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.22 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 331 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  33.77 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  31.7 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1614  transcriptional regulator  32.68 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>