More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5070 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  629  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  42.22 
 
 		 323 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 315 aa  192  6e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 375 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3821  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.958609 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3631  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.796927 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 367 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 367 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  33.33 
 
 		 367 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  34.65 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 368 aa  162  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 368 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  34.73 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  33.97 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 401 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  35.22 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 371 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4491  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  32.89 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6432  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477793 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 371 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 371 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3312  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 369 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 365 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 365 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 421 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  37.06 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 332 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 365 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.79 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.41 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  30.94 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 345 aa  146  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 361 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2172  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 329 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0036608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 332 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 335 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>