More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3379 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  698    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 340 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 334 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  31.51 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 337 aa  165  8e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  31.66 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 367 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.45 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1655  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33.9 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.491569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1576  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 331 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 324 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  29.34 
 
 		 326 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2917  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.367492 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  28.84 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 361 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 361 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 334 aa  149  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.39 
 
 		 325 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 331 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  29.17 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  27.83 
 
 		 337 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 401 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  29.81 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 339 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 388 aa  142  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>