More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2797 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3821  transcriptional regulator  48.33 
 
 		 311 aa  252  6e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.958609 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6432  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477793 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4491  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  37.09 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 341 aa  192  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 336 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 368 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 368 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  36.1 
 
 		 341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 367 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 368 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 368 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 367 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 367 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  33.66 
 
 		 367 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 375 aa  176  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  34.39 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.48 
 
 		 364 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  32.33 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 361 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 341 aa  169  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 336 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 361 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 401 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2172  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0036608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 321 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0541  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.514345  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 314 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1576  transcriptional regulator, AraC family  35.93 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 339 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  34.52 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 332 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  35.27 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  33 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 344 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 337 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 355 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 355 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 332 aa  155  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 332 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  32.8 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  32.48 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1655  ThiJ/PfpI domain-containing protein  35.4 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.491569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  30.16 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>