More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1433 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 317 aa  315  6e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6432  transcriptional regulator, AraC family  38.03 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477793 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4491  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 334 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2172  helix-turn-helix domain-containing protein  40.13 
 
 		 329 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0036608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 343 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  35.99 
 
 		 316 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 336 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 334 aa  199  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  34.6 
 
 		 367 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 334 aa  192  9e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 367 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 375 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  34.28 
 
 		 367 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 367 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 368 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 368 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3293  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  33.99 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 322 aa  186  7e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 344 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 368 aa  185  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  35.46 
 
 		 319 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  30.28 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  31.51 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  32.7 
 
 		 324 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 336 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5070  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.06 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3631  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 313 aa  170  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.796927 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.87 
 
 		 334 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 311 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  30.97 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1937  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  28.43 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  31.41 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 350 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>