More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2357 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2357  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  667    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2210  AraC family transcriptional regulator  94.38 
 
 		 325 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3564  AraC family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 325 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2481  AraC family transcriptional regulator  81.63 
 
 		 331 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25538 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  70.97 
 
 		 326 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 343 aa  368  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  38.68 
 
 		 387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 462 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 410 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  38.94 
 
 		 396 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  38.63 
 
 		 396 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 363 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 361 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  36.48 
 
 		 360 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 393 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 357 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 357 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 360 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.93 
 
 		 360 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 382 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 357 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 360 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 350 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  36.58 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.03 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  35.6 
 
 		 331 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  35.26 
 
 		 339 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 351 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4842  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.195064 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 361 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  32.9 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  30.1 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  31.66 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 315 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.32 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  29.78 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 371 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 315 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 361 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 336 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 321 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0307  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.96292  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 371 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2917  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.367492 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>