More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2801 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 386 aa  788    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.79 
 
 		 384 aa  324  1e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  44.06 
 
 		 401 aa  308  9e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 386 aa  300  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 385 aa  288  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 445 aa  278  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 380 aa  268  8.999999999999999e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.68 
 
 		 380 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 390 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 387 aa  218  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  36.06 
 
 		 392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  36.06 
 
 		 392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  36.06 
 
 		 392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  36.06 
 
 		 392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  36.06 
 
 		 392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  34.78 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 387 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.51 
 
 		 409 aa  213  5.999999999999999e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 392 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 391 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 392 aa  206  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.44 
 
 		 399 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 392 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  31.61 
 
 		 393 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 407 aa  199  7e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 407 aa  199  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  34.11 
 
 		 395 aa  199  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 414 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 397 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  31.22 
 
 		 397 aa  196  6e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  31.22 
 
 		 397 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 397 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 405 aa  193  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 405 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 397 aa  189  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  31.88 
 
 		 397 aa  187  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 397 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 397 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 411 aa  145  8.000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  29.55 
 
 		 323 aa  87  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  28.64 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  28.64 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  29.09 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  28.64 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  28.18 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  30.96 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.18 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.39 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  30.25 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 359 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2275  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  30.57 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  31.06 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5857  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.55822 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.71 
 
 		 325 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  27.35 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.71 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  30.58 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  26.5 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  26.7 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4188  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.319231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1245  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  25.29 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3298  LacI family transcription regulator  32.1 
 
 		 388 aa  67.4  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 302 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  28.26 
 
 		 337 aa  67  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 354 aa  67  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 272 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>