More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeAg_B3876 on replicon NC_011149
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 392 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  80.82 
 
 		 392 aa  666    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 392 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 397 aa  649    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 392 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  80.31 
 
 		 392 aa  664    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 397 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  77.75 
 
 		 395 aa  647    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  79.69 
 
 		 392 aa  653    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 392 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  78.77 
 
 		 409 aa  653    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 392 aa  721    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  100 
 
 		 392 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  78.93 
 
 		 397 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 		 392 aa  756    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 390 aa  484  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 387 aa  475  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  53.65 
 
 		 393 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 414 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  47.93 
 
 		 397 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  47.8 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  47.67 
 
 		 407 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 405 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  47.67 
 
 		 407 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 397 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.29 
 
 		 399 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  47.55 
 
 		 395 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 391 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.06 
 
 		 386 aa  216  7e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.95 
 
 		 384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 401 aa  192  6e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.32 
 
 		 380 aa  181  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 445 aa  172  7.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 387 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.81 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 411 aa  133  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.6 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.87 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  31 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 336 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  25.1 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  28.14 
 
 		 327 aa  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 214 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 355 aa  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  35.71 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  31.63 
 
 		 111 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  31.43 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2961  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0159613  hitchhiker  0.000452365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  27.04 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3848  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0846255  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9341  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  30.19 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.455721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.14 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.82 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 334 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 185 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.46 
 
 		 310 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.46 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  25.17 
 
 		 368 aa  62.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  25 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 345 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 409 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5736  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.756773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>