More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3229 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 411 aa  832    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.34 
 
 		 384 aa  186  6e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.34 
 
 		 409 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 380 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 386 aa  165  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.61 
 
 		 386 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  35.54 
 
 		 401 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 390 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 445 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  28.53 
 
 		 393 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  27.35 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  28.93 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  28.93 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 392 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 392 aa  132  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  28.57 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  28.57 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  28.57 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  28.57 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  28.57 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 392 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  28.61 
 
 		 395 aa  130  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 407 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 407 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 387 aa  126  8.000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.44 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  29.61 
 
 		 395 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  28.65 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.1 
 
 		 380 aa  114  3e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 397 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 397 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  26.15 
 
 		 343 aa  86.3  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  26.25 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  25.77 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  25.77 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  25.77 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  25.77 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  25.77 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  25.77 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  25.38 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.15 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  26.23 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  25 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  26.23 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  26.23 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  28.89 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4691  transcriptional regulator, LacI family  32.51 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0374666  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  24.81 
 
 		 342 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  25.82 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  29.01 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.85 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.23 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  33.51 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  40.59 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  27.99 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  28.51 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.5 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0114  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.71 
 
 		 406 aa  73.6  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0975768 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0956  transcriptional regulator, LacI family  29.37 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  26.37 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  28.5 
 
 		 328 aa  72.8  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.92 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  29.53 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  24.48 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  34.27 
 
 		 342 aa  72  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 331 aa  72  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>