More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0454 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  672    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  58.54 
 
 		 328 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  55.28 
 
 		 330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4284  LacI family transcription regulator  58.23 
 
 		 328 aa  347  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0425  transcriptional regulator, LacI family  58.59 
 
 		 328 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.401963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2992  LacI family transcription regulator  57.27 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2882  LacI family transcription regulator  57.14 
 
 		 339 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2358  LacI family transcription regulator  57.27 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3019  LacI family transcription regulator  57.14 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241706  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2972  LacI family transcription regulator  57.27 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2967  LacI family transcription regulator  57.69 
 
 		 339 aa  339  4e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.873465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6321  LacI family transcription regulator  56.55 
 
 		 339 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0300  LacI family transcription regulator  55.56 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3388  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0528  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3062  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2031  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0349  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.912669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2253  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0336  LacI family transcription regulator  54.55 
 
 		 339 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.543467  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.33 
 
 		 333 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  39.41 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 366 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.64 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 351 aa  156  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.85 
 
 		 338 aa  155  7e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 		 342 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  37.65 
 
 		 339 aa  149  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  32.37 
 
 		 351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  32.37 
 
 		 351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.37 
 
 		 348 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 342 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0072  transcriptional regulator LacI family  38.46 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  34.4 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.18 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0629  LacI family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 326 aa  142  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.505283 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 351 aa  142  9e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 386 aa  142  9e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.57 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.14 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 343 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 335 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.84 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.99 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  35.21 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.45 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 362 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2606  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 		 335 aa  136  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 347 aa  135  7.000000000000001e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  33.67 
 
 		 340 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.13 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 336 aa  135  8e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  37.03 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>