More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0774 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 384 aa  793    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 386 aa  330  4e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.79 
 
 		 386 aa  324  1e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 380 aa  322  9.000000000000001e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 385 aa  315  6e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  41.21 
 
 		 401 aa  288  1e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 445 aa  285  9e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  34.77 
 
 		 393 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.17 
 
 		 409 aa  235  9e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 386 aa  226  4e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 387 aa  224  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  31.95 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  31.95 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  31.95 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  31.95 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  31.95 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 392 aa  212  9e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 390 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 399 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  30.65 
 
 		 392 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  34.19 
 
 		 395 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 391 aa  206  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  32.47 
 
 		 397 aa  202  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 409 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 397 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  29.7 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  29.7 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 397 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 392 aa  193  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 392 aa  193  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 414 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 405 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 397 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 411 aa  186  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 395 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.63 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 407 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 407 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  32.13 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  28.25 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  28.25 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1682  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 		 352 aa  76.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.374774  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  28.25 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  27.8 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0956  transcriptional regulator, LacI family  32.03 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  27.34 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1296  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 334 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  26.59 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  26.59 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 245 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  26.59 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  26.62 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.22 
 
 		 344 aa  72  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  27 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  26.24 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  26.24 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  26.22 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  24.55 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  26.67 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  26.24 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  31.32 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 361 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0120  LacI family transcription regulator  30.53 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  29.79 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>