More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2882 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  95.95 
 
 		 395 aa  785    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 399 aa  820    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  90.26 
 
 		 391 aa  737    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  66.67 
 
 		 407 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 414 aa  531  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  66.67 
 
 		 407 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  66.92 
 
 		 405 aa  531  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  65.91 
 
 		 405 aa  528  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  66.33 
 
 		 397 aa  527  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  67.36 
 
 		 397 aa  528  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 397 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  66.58 
 
 		 397 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  66.58 
 
 		 397 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  67.45 
 
 		 397 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 390 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  47.63 
 
 		 393 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  48.44 
 
 		 409 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  48.31 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  48.31 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  47.63 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  47.91 
 
 		 395 aa  359  4e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  47.29 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  47.29 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  47.29 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  47.29 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  47.29 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  47.12 
 
 		 392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  47.12 
 
 		 392 aa  355  5.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 387 aa  348  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.45 
 
 		 384 aa  207  3e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.44 
 
 		 386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.82 
 
 		 380 aa  182  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 401 aa  175  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 385 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.46 
 
 		 409 aa  159  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 341 aa  72  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.14 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.31 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  33 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  28.85 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  27.5 
 
 		 323 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  27.5 
 
 		 323 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  27.5 
 
 		 323 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  27.5 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  33.15 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.45 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0701785 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.5 
 
 		 323 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.48 
 
 		 344 aa  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  26.77 
 
 		 343 aa  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5610  transcriptional regulator, LacI family  30.85 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.339749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  33.8 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  27 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  27 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.84 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  27 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  27.56 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  27 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  27 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  26.01 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 329 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  28.07 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 336 aa  62.4  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.34 
 
 		 333 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 346 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 346 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 350 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>