More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2358 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
234 aa  478  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  27.39 
 
 
261 aa  92  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5741  helix-turn-helix domain-containing protein  29.75 
 
 
235 aa  89.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 
131 aa  89.4  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 
268 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
269 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
277 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 
278 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
271 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
271 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 
277 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 
271 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 
331 aa  77  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
332 aa  75.1  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  37.37 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
544 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 
357 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
320 aa  72.4  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 
337 aa  72  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
337 aa  72  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 
544 aa  72  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  30.69 
 
 
392 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  32.99 
 
 
270 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 
332 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 
392 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
278 aa  69.7  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 
365 aa  70.1  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  28.11 
 
 
1373 aa  69.3  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 
337 aa  68.9  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
305 aa  68.6  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 
388 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 
382 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
351 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  30.21 
 
 
316 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 
345 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 
343 aa  67  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  38.82 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
392 aa  66.6  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  26.75 
 
 
1366 aa  66.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
409 aa  66.6  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  25.42 
 
 
1296 aa  66.6  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 
304 aa  66.6  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 
346 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  30.84 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 
361 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 
334 aa  65.9  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 
281 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 
326 aa  65.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 
295 aa  65.5  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
136 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  29.9 
 
 
397 aa  64.3  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
397 aa  64.3  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 
288 aa  64.3  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  29.9 
 
 
397 aa  64.3  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
398 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 
333 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  33.33 
 
 
318 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.08 
 
 
315 aa  64.7  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 
532 aa  64.3  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
377 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 
319 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12970  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29 
 
 
306 aa  65.1  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.149965  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 
350 aa  64.3  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 
336 aa  64.7  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  30.43 
 
 
278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  27.72 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  30.43 
 
 
278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  27.72 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
324 aa  63.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>