More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4330 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 386 aa  805    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  75.71 
 
 		 387 aa  628  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.63 
 
 		 384 aa  226  4e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.32 
 
 		 386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 401 aa  205  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 445 aa  191  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 380 aa  183  5.0000000000000004e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.42 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 390 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  27.74 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  27.58 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  26.85 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  26.85 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  26.85 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  26.85 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  26.85 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  26.33 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.55 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  27.18 
 
 		 395 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.85 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  25.06 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 409 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 411 aa  149  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  24.75 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  24.75 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 391 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 387 aa  145  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 395 aa  140  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 407 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 407 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 397 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 397 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 397 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  24.43 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 397 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 397 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  23.64 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  35.51 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0049  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1682  LacI family transcription regulator  25.56 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.374774  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  22.14 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  28.3 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  26 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  21.79 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  21.79 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  21.79 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 760 aa  66.6  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  21.51 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  21.51 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  24.43 
 
 		 339 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  21.51 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4990  transcriptional regulator, LacI family  33.07 
 
 		 342 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.74 
 
 		 328 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.13 
 
 		 324 aa  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  21.55 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  22.92 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  23.38 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3344  transcriptional regulator, AraC family  23.24 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  24 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  31.67 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 537 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  22.22 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  21.15 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.43 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  28.43 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3734  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  25.11 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  21.38 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>