More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0156 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 386 aa  796    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 385 aa  511  1e-144  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 380 aa  496  1e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 445 aa  434  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.76 
 
 		 384 aa  330  4e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.63 
 
 		 386 aa  300  4e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 401 aa  239  4e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 387 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 393 aa  204  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  34.64 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 390 aa  182  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  29.92 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 391 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  29.92 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  29.92 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  29.92 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  29.92 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  29.2 
 
 		 392 aa  178  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 397 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.46 
 
 		 409 aa  175  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  31.04 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 387 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.71 
 
 		 399 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 392 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 405 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  32.71 
 
 		 395 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 397 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 397 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 397 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 409 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  28.68 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  28.68 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 395 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 414 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  31.3 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.52 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  26.04 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  26.92 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  27.67 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  24.81 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  24.91 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  24.44 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.17 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  27.48 
 
 		 340 aa  67.4  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  26.14 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 340 aa  67  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  24.44 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  24.44 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  30.48 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  23.48 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  29.77 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  28.91 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  23.31 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  28.69 
 
 		 362 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.91 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  33.97 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  33.97 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  25.64 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  33.97 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  33.97 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  28.34 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  33.97 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.86 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>