More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3724 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 390 aa  815    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  58.35 
 
 		 392 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  59.23 
 
 		 409 aa  495  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  57.95 
 
 		 392 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 392 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  57.36 
 
 		 397 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  57.36 
 
 		 397 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  57.36 
 
 		 397 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  57.95 
 
 		 392 aa  491  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  56.56 
 
 		 392 aa  488  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  57.18 
 
 		 395 aa  478  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  56.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  56.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  56.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  56.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  56.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  55.99 
 
 		 393 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  52.62 
 
 		 387 aa  430  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 		 397 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 397 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 		 397 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 		 397 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 414 aa  418  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  51.95 
 
 		 397 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 405 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  52.31 
 
 		 405 aa  413  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  51.28 
 
 		 407 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 		 397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  51.28 
 
 		 407 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.44 
 
 		 399 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  50.66 
 
 		 395 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 391 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.94 
 
 		 386 aa  220  3.9999999999999997e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.43 
 
 		 384 aa  210  3e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  28.13 
 
 		 401 aa  185  9e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 386 aa  182  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.05 
 
 		 380 aa  177  2e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 387 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 380 aa  174  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 386 aa  172  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 445 aa  166  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.35 
 
 		 409 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.74 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  30.63 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.18 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  27.8 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.9 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  28.77 
 
 		 344 aa  69.3  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.16 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  26.51 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 311 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  25.73 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  29.44 
 
 		 336 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  25.65 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  29.61 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  27.27 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  23.42 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  27.15 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 760 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  27.15 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 532 aa  62.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  28.35 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 344 aa  62.8  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 313 aa  62  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  27.6 
 
 		 323 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  24.2 
 
 		 333 aa  62  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  24.88 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  27.15 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  32.61 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  27.15 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  28.07 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  27.15 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0701785 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  22.68 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  22.68 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>