More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_4065 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  100 
 
 
392 aa  815    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  80.26 
 
 
409 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 
397 aa  657    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 
392 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  81.54 
 
 
392 aa  674    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  81.79 
 
 
392 aa  673    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  79.49 
 
 
397 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  78.7 
 
 
395 aa  645    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  81.79 
 
 
392 aa  674    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  79.49 
 
 
397 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 
392 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 
392 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 
392 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  92.35 
 
 
392 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  90.31 
 
 
392 aa  744    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
392 aa  815    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  56.56 
 
 
390 aa  488  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  60.37 
 
 
387 aa  476  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  54.69 
 
 
393 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  50.91 
 
 
414 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
397 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
397 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  49.08 
 
 
397 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  49.08 
 
 
397 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  47.93 
 
 
405 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  47.95 
 
 
405 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  48.03 
 
 
397 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  47.01 
 
 
407 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  47.01 
 
 
407 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.63 
 
 
399 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
397 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
397 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  47.76 
 
 
395 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 
391 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.78 
 
 
386 aa  215  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.65 
 
 
384 aa  207  3e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 
401 aa  186  7e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.16 
 
 
380 aa  181  2.9999999999999997e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
386 aa  178  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 
385 aa  172  6.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 
380 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 
445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 
387 aa  163  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.39 
 
 
409 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  27.58 
 
 
386 aa  159  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 
411 aa  136  8e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 
332 aa  79.3  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.41 
 
 
324 aa  73.2  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  30 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
336 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.1 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 
274 aa  69.3  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 
296 aa  68.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.77 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.77 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 
309 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.77 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30 
 
 
314 aa  67  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
760 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
309 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  24.71 
 
 
341 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
311 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  33.33 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9341  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  30.19 
 
 
309 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.455721  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 
311 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30 
 
 
305 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 
532 aa  64.3  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
185 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 
291 aa  64.3  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 
198 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  26.72 
 
 
339 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
312 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 
345 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 
248 aa  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 
198 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 
345 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  30.61 
 
 
111 aa  63.5  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 
409 aa  63.5  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
409 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  27.04 
 
 
198 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
409 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 
368 aa  63.2  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 
300 aa  63.2  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 
293 aa  63.2  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  26.5 
 
 
324 aa  63.2  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
214 aa  62.8  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 
279 aa  62.8  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
311 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 
354 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>