More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4185 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  82.43 
 
 		 405 aa  663    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  80 
 
 		 405 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 407 aa  835    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 407 aa  835    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 414 aa  628  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  78.66 
 
 		 397 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  78.66 
 
 		 397 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  78.66 
 
 		 397 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  78.66 
 
 		 397 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  78.81 
 
 		 397 aa  625  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  79.02 
 
 		 397 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  78.76 
 
 		 397 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  66.49 
 
 		 391 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.67 
 
 		 399 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  65.9 
 
 		 395 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 390 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  49.1 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  47.66 
 
 		 393 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  46.95 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  46.95 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  47.01 
 
 		 392 aa  368  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  48.32 
 
 		 409 aa  368  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 387 aa  366  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  47.29 
 
 		 395 aa  361  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  47.67 
 
 		 392 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  47.67 
 
 		 392 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  47.67 
 
 		 392 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  47.67 
 
 		 392 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  47.67 
 
 		 392 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.99 
 
 		 386 aa  199  7e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 386 aa  180  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 401 aa  180  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.74 
 
 		 384 aa  177  4e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 385 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.91 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 387 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.18 
 
 		 409 aa  148  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 380 aa  146  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 445 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 386 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  27.65 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 		 337 aa  67  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  32.46 
 
 		 361 aa  67  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  24.2 
 
 		 333 aa  66.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.7 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 341 aa  63.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  28.89 
 
 		 340 aa  62.8  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 243 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 243 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  29.03 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  31.94 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.72 
 
 		 355 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  31.48 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.15 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3266  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  32.89 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  26.12 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  25.58 
 
 		 323 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  59.3  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 293 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  25 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 319 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  25.58 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 334 aa  58.9  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 1201 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  21.15 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>