More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6331 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  91.92 
 
 		 397 aa  743    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  95.97 
 
 		 397 aa  780    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  82.62 
 
 		 405 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  95.97 
 
 		 397 aa  782    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  82.12 
 
 		 405 aa  665    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 397 aa  812    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  95.97 
 
 		 397 aa  782    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  95.21 
 
 		 397 aa  775    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  98.74 
 
 		 397 aa  800    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  79.02 
 
 		 407 aa  624  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  79.02 
 
 		 407 aa  624  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  76.53 
 
 		 414 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.45 
 
 		 399 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  67.02 
 
 		 395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  66.14 
 
 		 391 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  50.39 
 
 		 409 aa  388  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  48.84 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  48.84 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 392 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  48.71 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  48.71 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  49.09 
 
 		 395 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  47.89 
 
 		 393 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  48.56 
 
 		 387 aa  368  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.12 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.16 
 
 		 386 aa  192  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 386 aa  172  7.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.84 
 
 		 380 aa  168  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 385 aa  166  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 401 aa  166  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.61 
 
 		 409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 380 aa  143  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 387 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 445 aa  126  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 386 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 327 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 340 aa  62.8  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.27 
 
 		 328 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  26.27 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  32.09 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  33.66 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  31.05 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2762  transcriptional regulator, LacI family  31.89 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.683776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.69 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  28.25 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  27.57 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 1201 aa  57.4  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 531 aa  57.4  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.15 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  28.49 
 
 		 330 aa  57  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  32.61 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  30.05 
 
 		 416 aa  56.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 309 aa  56.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 294 aa  55.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  29.69 
 
 		 361 aa  55.8  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  25.19 
 
 		 339 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  29 
 
 		 361 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 316 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 287 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>